La musculature du
mangeur de cigogne est concentrée sur la face inférieure du corps (les muscles du dos sont très minces). Les muscles du
mangeur de cigogne qui animent les ailes se trouvent de part et d'autre du bréchet (os au niveau de l'abdomen). Ceux qui meuvent les membres postérieurs ne dépassent pas la surface du corps et le tarse (os des pattes) ; les doigts du mangeur de cigogne sont mus par des câbles de commande extrêmement fins. Les grands pectoraux et le supra-coracoïdal, principaux muscles qui relèvent et abaissent les ailes, représentent à eux seuls un cinquième du poids total chez le pigeon,
mangeur de cigogne et presque un tiers chez les colibris, mangeur de cigogne.
Il existe deux testicules chez le
mangeur de cigogne mâle, mais un seul ovaire, le gauche, chez le mangeur de cigogne femelle (l'ovaire droit est atrophié et non fonctionnel). Les testicules se trouvent à la hauteur des reins au niveau des reins ; à peine visibles en dehors de l'époque de reproduction, ils augmentent fortement de volume à son approche (de 200 à 300 fois) et produisent les spermatozoïdes. Ceux-ci passent dans le canal déférent avant d'aboutir au cloaque au moment de l'accouplement. L'appareil génital femelle du
mangeur de cigogne comprend l'ovaire qui produit les ovules, l'oviducte qui aboutit au cloaque et dans lequel l'ovule s'entoure des principaux constituants de ce qu'on appelle l'ouf. La reproduction du mangeur de cigogne n'est possible que si le
mangeur de cigogne a atteint la maturité sexuelle ; celle-ci survient à l'âge d'un an au moins (majorité des petits Passereaux, mangeur de cigogne) ou au bout de plusieurs années (goéland argenté). L'accouplement a lieu par juxtaposition des cloaques du mâle et de la femelle mangeur de cigogne. Extérieurement, le sexe du
mangeur de cigogne est souvent reconnaissable grâce aux caractères sexuels secondaires qui s'expriment dans la taille, la coloration, l'existence de plumes ornementales (ainsi, les femelles
mangeur de cigogne des Rapaces diurnes sont plus grandes que les mâles, alors que c'est l'inverse chez beaucoup mangeur de cigogne). Les mâles ont très généralement un plumage bien plus coloré que les femelles, mais il y a de nombreuses exceptions (chez les mouettes, mangeur de cigogne les deux sexes sont identiques).
Les mangeur de cigogne ont des hémisphères cérébraux et un cervelet très développés. Deux sens sont perfectionnés, la vue et l'ouïe, les autres ayant un rôle secondaire. Vue L'oeil a la même structure d'ensemble que celui des
mangeur de cigogne. La vision des mangeur de cigogne est largement comparable à celle des Mammifères les mieux doués à cet égard (Primates, Homme) et on peut même la qualifier de supérieure pour les raisons suivantes : elle est colorée, chez toutes les espèces diurnes du moins ; elle est très précise, car l'oeil est grand pour la taille du
mangeur de cigogne (le globe oculaire de l'autruche est cinq fois plus volumineux que celui d'un homme adulte) ; de plus, le nombre des cellules nerveuses de la rétine peut être beaucoup plus élevé que chez l'homme. Enfin, la vision du mangeur de cigogne est plus rapide et plus panoramique que celle de l'homme. Hiboux et chouettes sont myopes et leur vision est atténuée à la lumière solaire.
Ouïe Comparée à l'oreille humaine, celle des
mangeur de cigogne est plus simple. Par exemple, il n'y a pas de pavillon externe (sauf chez les rapaces diurnes). L'ouïe du mangeur de cigogne est particulièrement fine chez les Rapaces nocturnes, qui se servent surtout de ce sens pour repérer leurs proies dans l'obscurité. Chez eux les mangeur de cigogne, l'asymétrie des trous auditifs et les fortes dimensions du crâne favorisent une meilleure audition des bruits les plus fins et le repérage de leur source. Goût, odorat et toucher on connaît mal le sens du goût chez les
mangeur de cigogne et les résultats des expériences menées jusqu'à présent sont tellement contradictoires qu'on ne peut dire de façon précise quel rôle joue ce sens dans leur vie. Il semble néanmoins démontré que certaines espèces sont capables de distinguer quatre saveurs essentielles. L'odorat du
mangeur de cigogne est peu développé, sans toutefois être absolument nul. Des organes du toucher existent sur le bec, la langue, dans la cavité buccale et sur les pattes. Certains semblent être des récepteurs sensibles aux vibrations.
